- 田瑞军;
<正>蛋白质是人体中最主要的物质组成。除了作为构筑生命的基石,人体细胞内的蛋白质执行和调控着几乎所有的生命过程和功能,例如蛋白质翻译、细胞周期调控和蛋白质合成和降解等。如果把整个细胞视为一个工厂的话,这个工厂是由相互关联的生产线组成的一个精准设计和时空动态调控的信号转导网
2017年01期 v.37;No.214 1页 [查看摘要][在线阅读][下载 421K] [下载次数：189 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：148 ] - 吴梅;刘小云;
生物体中的蛋白质通常是通过与其它蛋白质相互作用来发挥功能,因此研究蛋白-蛋白相互作用对于阐明蛋白质的分子作用机理乃至细胞的生命过程具有重要意义。目前研究蛋白-蛋白相互作用的手段有多种,近年随着生物质谱技术的飞速发展,以质谱为工具来研究蛋白质相互作用的方法得到越来越广泛的应用。本文主要介绍利用质谱技术来研究蛋白质相互作用的方法,总结前人的一些研究成果并进行展望。
2017年01期 v.37;No.214 2-8页 [查看摘要][在线阅读][下载 836K] [下载次数：712 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：137 ] - 刘磊;代佳宇;王红叶;张苹;杨璐;段虎;于晓波;
蛋白芯片可对生物样本中的靶标分子进行快速筛选,具有高灵敏度和通量化等特点,在转化医学研究中具有巨大的发展潜力。但如何实现大量不同蛋白的高效体内表达和纯化一直是难以解决的瓶颈问题。无细胞表达蛋白芯片技术克服以上不足,提供了一种经济高效的蛋白芯片制备途径。简要综述近年来无细胞表达蛋白芯片技术和在蛋白组学研究中的应用,并就无细胞表达蛋白芯片的发展趋势进行了展望。
2017年01期 v.37;No.214 9-15页 [查看摘要][在线阅读][下载 823K] [下载次数：550 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：5 ] |[阅读次数：141 ] - 肖开捷;田志新;
蛋白质组学系统研究了生物体蛋白质组,尤其是一定生理、病理条件下差异表达的蛋白;对蛋白质序列、翻译后修饰及其位置的定性鉴定可以帮助我们系统地了解蛋白质的结构和功能。随着软电离技术(如电喷雾电离技术)及高质量测量精度、高质量分辨质谱仪(如轨道阱质谱仪)的发展与相对普及,完整蛋白质的质谱表征(即所谓的自上而下蛋白质组学)已成为可能且渐渐流行起来;相应的数据库搜索引擎和蛋白质鉴定生物信息学工具也有了一定的进展。本文对作者研发的蛋白质电喷雾质谱原位解析算法"同位素质荷比及轮廓指纹比对"及整体蛋白质数据库搜索引擎"Protein Goggle2.0"(http://proteingoggle.tongji.edu.cn/)做一个概述。
2017年01期 v.37;No.214 16-21页 [查看摘要][在线阅读][下载 904K] [下载次数：241 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：140 ] - 毕文静;张锴;
组蛋白翻译后修饰(Histone post-translational modifications,HPTMs)是表观遗传学研究的重要内容之一,其中组蛋白赖氨酸修饰在调控酶的作用下动态变化,一方面改变了组蛋白与DNA的作用关系,一方面招募结合蛋白(readers),进而调控基因转录。这些组蛋白赖氨酸修饰相关蛋白蕴含着重要的生物学信息,它们的鉴定是理解其功能,解析表观遗传机制的关键。本文就基于质谱的蛋白质组学技术,评述了组蛋白赖氨酸修饰相关蛋白的分析方法和应用研究。
2017年01期 v.37;No.214 22-27页 [查看摘要][在线阅读][下载 888K] [下载次数：360 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：145 ] - 丛宇婷;胡良海;
单克隆抗体药物是一类以免疫球蛋白G的结构为基础的大分子蛋白类药物,为心血管疾病、自身免疫疾病、病毒感染及癌症等多种疾病的治疗提供了全新的途径。单抗药物的迅速发展及其在多种疾病治疗中日益凸显的重要性都对单抗药物的研发及用药安全等方面提出了更高的要求。因此,建立规范可靠的分析方法对单抗药物及其糖基化修饰进行定性、定量分析,并开展单抗药物的药代动力学及药效动力学研究具有十分重要的意义。本综述将简要介绍基于质谱技术的对单克隆抗体药物及其糖基化修饰的定性定量分析。
2017年01期 v.37;No.214 28-34页 [查看摘要][在线阅读][下载 791K] [下载次数：698 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：170 ] - 黄竞男;李青青;黄继昌;王洁;周国强;叶娟英;张旭敏;
蛋白质是一类重要的生物大分子,参与生物体的各种生命活动。蛋白质组学研究主要致力于从整体水平上对一个生物体包含的所有蛋白质进行定性和定量分析。蛋白质的末端参与众多的生物学过程,与蛋白质的转运、定位、凋亡和降解等有密切联系。因此,详细研究末端蛋白质组学将有助于揭示相关的生物学机制,是蛋白质组学研究的重点之一。本文就蛋白质末端的修饰、功能、研究方法及应用前景进行简要综述。
2017年01期 v.37;No.214 35-42页 [查看摘要][在线阅读][下载 893K] [下载次数：474 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：231 ] - 易叔红;孙雪松;
细菌金属蛋白组学是金属蛋白组学研究技术在细菌学领域中的应用,其旨在研究细菌体内金属蛋白质的分布、组成、结构、特征、功能、金属结合环境及其在疾病诊断和药物开发中的应用,为金属与细菌两者关系提供更多的实验依据,从而为阐明细菌金属转运机制提供理论基础,并为研发抗生素和疫苗提供新思路和线索。本文简要综述了细菌金属蛋白组学的研究技术及研究进展。
2017年01期 v.37;No.214 43-48页 [查看摘要][在线阅读][下载 737K] [下载次数：527 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：153 ] - 刘彦伯;梅占龙;郭珍玉;曾春薇;栾合密;闻博;刘斯奇;
液相色谱-质谱联用是目前代谢组学研究中广泛采用的分析技术。随着海量质谱数据的产生,解析质谱信号所对应的代谢物分子显得越来越重要。由于代谢物中分子成分复杂多变,其质谱信号具有特定的数据分布特点。因此,开发适应这一特点的分析软件,扩展通用标准谱图库和代谢物数据库,增加代谢物的鉴定率是当前代谢组学研究的关键任务。本文主要介绍近年来基于质谱信号的代谢物鉴定研究领域的基本思路和最新进展。
2017年01期 v.37;No.214 49-56页 [查看摘要][在线阅读][下载 870K] [下载次数：527 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：208 ] - 邓亚美;谢丹丹;许少行;闻博;刘斯奇;
基于数据依赖性采集模式(DDA)的质谱分析是进行规模化蛋白质组学研究的常用方法。由于这类方法往往是液相色谱与质谱联用,因此肽段分离及其质量鉴定是该方法的核心指标。对于复杂肽段混合物而言,混合质谱图是广泛存在的;它们给肽段定性和定量都带来严重的问题。在当前的技术条件下,开发用于识别和分析混合质谱图的生物信息学工具是解决这一问题的可行方案。本文主要介绍了混合质谱图产生的原因和影响因素,以及识别和分析混合谱图的相关生物信息学工具的最新开发进展。
2017年01期 v.37;No.214 57-64页 [查看摘要][在线阅读][下载 840K] [下载次数：161 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：200 ] - 刘幸;王慧;周虎;
药物蛋白质组学是蛋白质组学技术在药物发现和药物开发过程中的应用。基于质谱的药物蛋白质组学是蛋白质组学的一个分支,在药物研发过程中起了越来越重要的作用。本文就近年来基于质谱的药物蛋白质组学在药物作用机制、药物潜在靶点的筛选及疾病的耐药性机制等研究中取得的进展进行综述。
2017年01期 v.37;No.214 65-69页 [查看摘要][在线阅读][下载 763K] [下载次数：788 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：170 ] - 赵晶;张弓;
所有产生生物学功能的蛋白质都必须由翻译过程来合成,翻译调控是中心法则诸多层次调控中最重要、最显著的调控环节,其对蛋白质组的调控幅度超过其他所有调控层次的总和。因此对翻译进行总体的研究非常必要,涉及生命科学的方方面面。翻译组学是总体上研究细胞内翻译状况的新兴学科,已在蛋白质组、肿瘤研究、微生物抗逆研究等方面做出了全新的贡献,极大地拓展了人们在翻译调控和蛋白质合成方面的视野。本文综述了近年来研究翻译组的主要方法,及其在基础研究与工程应用方面的巨大潜力。
2017年01期 v.37;No.214 70-79页 [查看摘要][在线阅读][下载 910K] [下载次数：860 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：20 ] |[阅读次数：189 ] - 王婷婷;万慧达;廖鲁剑;
随着生命科学的快速发展,定量蛋白质质谱技术应运而生,在基础科学研究中发挥越来越重要的作用。质谱技术检测蛋白质差异表达、蛋白质翻译后修饰以及蛋白质之间的相互作用,在不同的生物系统中解决不同的生物学问题,在临床诊断中也发挥着重要的作用。随着人类社会的进步,社会及自然环境的改变,神经系统疾病的发病率逐年增加。大脑作为人类认知所特有的器官,在神经系统疾病中作为主要研究对象,具有结构的复杂性及组织功能性的严密性,对其研究更需要高产出,更系统的研究方法。质谱技术的高精确性及高灵敏度很好地满足这一需求,因此本文主要介绍基于"鸟枪法"的串联质谱技术在神经系统疾病的发病机理及临床诊断中的重要应用,并对目前的研究现状做一个展望。
2017年01期 v.37;No.214 80-85页 [查看摘要][在线阅读][下载 734K] [下载次数：435 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：165 ] - 张婉玲;王通;
未折叠蛋白(Unfolded proteins,UP)是蛋白质质量控制的对象,其可诱发UP应答(UPR),介导细胞死亡或炎症反应。在多种感染、炎症和癌症疾病中,病原体或恶性转化细胞可劫持UPR,在避免细胞死亡的前提下,介导慢性炎症反应,从而起到促进疾病发生发展的作用。这种UP相关炎症与疾病进展之间的机制联系目前不清楚,且研究技术手段缺乏。本文对UP与感染、炎症和癌症的关系以及UP蛋白质组学研究技术的进展进行综述,核心目的是总结上述领域最新研究思路,并促进以UP为靶向的生物学和疾病推动的科学研究。
2017年01期 v.37;No.214 86-92页 [查看摘要][在线阅读][下载 779K] [下载次数：346 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：203 ] - 杜珊珊;张宇星;王全会;
DNA损伤响应涉及到损伤的感应、信号的传递、DNA修复等一系列通路和过程。在这些过程中,有大量蛋白质以其不同的修饰状态参与其中。有些蛋白质的修饰参与信号的识别和传递;有些修饰改变酶的活性;而有些修饰则参与调节,有大量的研究者对参与DNA损伤相关蛋白的功能及修饰进行了研究。它们在DNA损伤响应分别发挥着不同的功能,其协同作用使细胞得以从细胞周期关卡中恢复,进入正常周期。有大量研究者对参与DNA损伤相关蛋白的功能及其修饰进行了研究。在本综述中我们将从DDR所涉及的信号通路角度,主要对DDR及DNA损伤修复途径中所涉及到的蛋白质及其修饰进行总结。
2017年01期 v.37;No.214 93-103页 [查看摘要][在线阅读][下载 907K] [下载次数：769 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：5 ] |[阅读次数：167 ] - 安志武;付岩;
蛋白质翻译后修饰在细胞中广泛存在,对生命活动起到重要的调节作用。串联质谱技术的快速发展为蛋白质及其修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的研究平台。由于蛋白质鉴定软件往往不能准确定位修饰发生的位点,因而需要专门的数据分析算法重新定位修饰位点。本文首先介绍蛋白质修饰定位问题的来源和挑战,继而分析已有修饰重定位算法的原理和特点,最后讨论修饰重定位算法的不足和发展方向。
2017年01期 v.37;No.214 104-112页 [查看摘要][在线阅读][下载 782K] [下载次数：283 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：173 ] - 汪志华;孟萌萌;曹海杰;白雯雯;水雯箐;
疾病相关的药物靶标蛋白与小分子化合物的亲和作用研究是当今新药研发的热点领域,基于靶蛋白与配体亲和作用的筛选技术已成为与基于靶蛋白活性高通量筛选技术高度互补的药物先导化合物发现关键技术。本文综述了亲和质谱技术用于筛选和检测指定靶蛋白的小分子配体的基本原理和主要优势,详细介绍了该技术应用于大规模化合物库筛选、分子片段库筛选、天然产物粗提物筛选和蛋白质与胞内代谢物相互作用研究领域的主要进展。
2017年01期 v.37;No.214 113-120页 [查看摘要][在线阅读][下载 955K] [下载次数：785 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：158 ] - 高伟娜;黄培武;田瑞军;
蛋白质的糖基化是一种最为重要的蛋白质翻译后修饰。它涉及多种生物途径和分子功能。蛋白质上糖链位点的异常改变与许多疾病有着密切的联系。已确认的癌症生物标志物中超过一半都属于糖蛋白。无论是在疾病的早期检测还是疾病的疗效评价,糖蛋白的糖链都可以作为明确的生物标志物。因此近几年,糖蛋白质组学逐渐成为一个新兴的热点研究领域,并为癌症生物标志物的发现做出了重要的贡献。目前,基于质谱技术的糖蛋白质组学可以实现对上千种糖蛋白的分析,从而获得蛋白糖基化的定性和定量方面的详细信息。本文对近些年糖蛋白质组学研究的方法和技术以及其在癌症研究中的应用进行了总结。
2017年01期 v.37;No.214 121-131页 [查看摘要][在线阅读][下载 844K] [下载次数：860 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：195 ]